Fu nel 1605 che gli uomini di Falghera presero la solenne decisione di porre mano alla edificazione di una chiesa e di dedicarla a San Francesco d’Assisi: così il 2 luglio dello stesso anno fecero porre la prima pietra al parroco di Acquate don Ambrogio Pozzi in località denominata “il Calvario” (appena oltrepassato il nucleo abitato di Falghera) lungo la mulattiera che sale a Malnago.

Gli anni che seguirono, come testimoniato anche dal Manzoni nel suo romanzo “I promessi sposi”, non furono certo facili per gli abitanti dell’intera regione. Invasioni, pestilenze e carenze di fondi determinarono l’inevitabile rallentamento dei lavori che ripresero più speditamente solo dopo il 1633.

Nel 1646 il notaio acquatese (nonostante il nome) Jo Paulo Marchesino de Ayroldis donò alla chiesa il quadro di san Francesco con le stigmate. Ma la prima Messa, ad opera non ancora terminata perché era carente di tetto, si celebrò solo due anni dopo, nel giorno in cui ricorreva la festa del Santo, avvenimento che ha dato origine ad una tradizione mai interrotta. Infatti, ancor oggi in Falghera, si festeggia con particolare solennità questa giornata dedicata al Poverello d’Assisi nella seconda domenica di ottobre.

L’intera chiesa fu considerata finita solo nel 1688, anche se successivamente, nel 1699, si  cominciò a costruire il piccolo sagrato antistante.

A partire dal 1733, in quest’oratorio come in quello di Malnago, gli abitanti persero il diritto di nomina degli amministratori che, per disposizioni arcivescovili, passò esclusivamente al parroco.

Gli ultimi considerevoli lavori di ammodernamento di interni ed esterni, eseguiti nel 1970 e nel 1995, sono quelli che oggi donano alla chiesa una veste più che pregevole.