Mentre la chiesa parrocchiale e le altre chiese delle frazioni sorgono in luoghi separati dalle abitazioni, la chiesetta dedicata a Sant’Anna è inserita in modo contiguo agli edifici di  via Lucia, ma è facilmente individuabile grazie alla mole del suo campanile coronato da bifore e per la formella con Sant’Anna, madre di Maria Santissima, posta sopra l’ingresso.

Durante i periodi di restauro che rendevano impraticabile la parrocchiale, essa diventava il principale luogo di culto della comunità e per questo, nella considerazione di molti acquatesi, è avvertita come una chiesa di “riserva” , eppure ebbe sempre un ruolo  importante nella vita cristiana del paese.

Fu il Presbitero Francesco Airoldi di Acquate, con un lascito testamentario dell’anno 1563, a volere nella vigna di sua proprietà l’istituzione di un oratorio a beneficio della Immacolata Concezione e la disponibilità di un cappellano, premessa alla futura edificazione della chiesa che sarà terminata nel 1569.

Questo dimostra che anche ad Acquate, molti secoli prima della conferma ufficiale del dogma da parte della Chiesa (1854), la Santa Vergine era venerata dalla fede popolare come “Regina concepita senza peccato originale”.

Nella relazione degli incaricati mandati in visita dal Cardinale San Carlo Borromeo nel 1569, troviamo già importanti testimonianze circa la sua idoneità al culto. Si trovano anche particolareggiate disposizioni al cappellano, Giuseppe Bolis, affinché celebrasse ogni giorno la santa Messa; tenesse accese, nei giorni di sabato e nelle vigilie delle feste della Beata Vergine, le lampade con l’olio proveniente dagli olivi coltivati in località Canto; concelebrasse nella festa di Sant’Anna in forma particolarmente solenne con altri sacerdoti, ai quali avrebbe offerto un pasto frugale; cantasse i Vesperi nel giorno dell’Immacolata, suonando l’organo.

Risulta anche che la chiesa fosse sfornita di sedie e che i fedeli seguissero in piedi le varie funzioni. Solo nel 1746 il sacerdote Carlo Antonio Tartari, il quale vi celebrava la messa giornalmente nel periodo in cui soggiornava ad Acquate in villeggiatura, fece dono di alcune panche per la comodità di donne vecchie ed inferme.

Sempre lo stesso sacerdote si premurò, a sue spese, di riparare in parte la struttura perchè, dopo quasi duecento anni di vita, necessitava di opportuni interventi.

Dalla istituzione delle “Confraternite” la chiesa fu per molti anni la sede di quella acquatese del SS.Sacramento che qui si riuniva per pregare e per tenere i periodici incontri.

La cappellania fu soppressa nel 1867 e l’ultimo cappellano fu Arsenio Meles di Laorca, ma abitante ad Acquate. Nell’atto di nomina di quest’ultimo cappellano, risalente al 1845, compare anche il nome di Alessandro Manzoni, in quanto parente degli Airoldi Marchesini, famiglia che nel frattempo era subentrata nella proprietà dell’oratorio.

Gli ultimi importanti interventi di consolidamento furono eseguiti negli anni 1957, 1967 e 1987. Rimuovendo la pala d’altare, durante i lavori del 1967, venne trovato un affresco sul muro con San Gioachino, Sant’Anna e Maria Santissima in tenera età, risalente agli anni immediatamente successivi alla costruzione della chiesa.

Esso necessitò di un considerevole restauro eseguito dal prof. Bonomi di Bergamo, perché molto deteriorato dal tempo. L’antico affresco, opportunamente recuperato e decorato, è quello che oggi adorna l’altare.